リファラスパムのログ記録の問題は、サーバーの問題ではなく処理的な問題の様な気がしてきました。
どうもログ記録制限をかけている所の処理を変えなくてはいけないと思います。
今の所、リファラスパムのログだけで症状が見えていますが、通常のスパムのログも同じ症状が起きる可能性が有りそうです。

とりあえず症状が起きている実験ブログのログ記録制限を止めてみました。
これで暫く様子を見てみましょう。